Fundado el 2 de febrero de 1881 como Manicomio Vélez, el edificio fue entregado por el Concejo de la ciudad a la Junta de Beneficencia de Guayaquil y fuereconstruido en 1909 y re-bautizado como Manicomio Lorenzo Ponce en abril de 1910. 

En 1934 el estudio de la psiquiatría y la patología mental fueron de gran importancia para la transformación del hospital en un sanatorio de docencia nacional. Posteriormente, en 1954, se convirtió en un verdadero hospital psiquiátrico. A lo largo de estos años de servicio, el hospital alcanzó un grado de complejidad y desarrollo que justifican el hecho de que la Junta de Beneficencia de Guayaquil  haya resuelto su cambio de denominación a Instituto de Neurociencias cuya inauguración fue el 26 de mayo del 2011.

El nacimiento del Instituto de Neurociencias marca un compromiso de cambio y modernización permanente en el modelo de atención que nuestra tradicional institución brinda a sus pacientes, acorde con los adelantos de la medicina. Además de las actividades académicas, se ha añadido nueva infraestructura para satisfacer las exigencias de la comunidad.